Vorlesung "Simulation von Biomolekülen" (BioSim)

an der Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf,  Computational Biochemistry Group

Nächster Termin:

Blockveranstaltung im Zeitraum 14. März - 29. März 2022
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Dann schicken Sie eine Email an Prof. Dr. Birgit Strodel (birgit.strodel at hhu.de).

Ablauf:

Vorlesung: täglich 09:00 - max. 10:30 Uhr (2 SWS)
Raum 26.21.01.04
Prof. Strodel

Praktikum: täglich 10:30 - 16:00 Uhr (6 SWS)
Raum 26.21.01.04
Prof. Strodel ü Mitarbeiter:innen

Seminar und Klausur: April 2022

Anzahl Kreditpunkte: 8
Zeitplan

Literaturempfehlungen:


photo Tamar Schlick

Molecular Modeling and Simulation

 photo Daan Frenkel and Berend Smit

Understanding Molecular Simulation


Lecture Notes:

  1. Molecules of life
  2. Force fields
  3. Molecular dynamics simulations
  4. Thermostats and barostats in MD simulations
  5. Computation of nonbonded interactions
  6. Advanced MD sampling techniques
  7. Monte Carlo simulations
  8. Geometry optimization
  9. Protein-Ligand Docking & Drug Design

Exercises:

  1. VMD
  2. MD of alanine dipeptide
  3. Analysis of an MD simulation
  4. Practical exercise: MD of alanine dipeptide with implicit solvent
  5. Practical exercise: REMD of alanine dipeptide
  6. Practical exercise: local and global optimization of alanine dipeptide

Further material: